نیکوس پانایوتوپولوس در 6 نوامبر 1941 در میتیلین یونان به دنیا آمد. او در آتن فیلمسازی خواند و کار خود را به عنوان دستیار کارگردان در تولیدات یونانی و خارجی آغاز کرد.

در سال های 1960-1973 در پاریس زندگی کرد و در دوره های فیلم در موسسه فیلم شناسی سوربن شرکت کرد.

در سال 1973 به آتن بازگشت. اولین فیلم او به نام رنگ زنبق (1974) ("رنگ های زنبق") غیرمنتظره ترین ساخته سینمای یونان جدید بود. از آنجایی کهسپس در آنجا زندگی و کار کرد و همسر محبوبش ماریانا سپانوداکیس همیشه در کنارش صادقانه در تمام تولیدات او عمدتاً به عنوان طراح لباس و همچنین تهیه کننده و بازیگر شرکت کرد. او از سال 1974 به نویسندگی و کارگردانی فیلم‌هایی با سبک روایی خاص با رویکردی مضمونی پرداخته است که به موضوعاتی چون توهم اروتیک و زوال روابط انسانی می‌پردازد.

فیلم های او در جشنواره های ملی و بین المللی شرکت کرده استتیوال ها و جوایز مهمی دریافت کرده اند.

مرگ او تنها چند هفته پس از اکران فیلم دختر رامبراند (2015) ("دختر رامبراند") رخ داد.