بعد أربع عشرة سنة من الاصطدام الثالث، يستيقظ شينجي إيكاري في عالم لا يتذكره. لم يتقدم في العمر. الأرض مدمرة إلى حد كبير، وقد تم تفكيك NERV، والناس الذين كان يحميهم قد تحولوا ضده. يصادق كافورو ناگيسا الغامض، ويستمر شينجي في القتال ضد الملائكة ويدرك أن القتال لم ينتهِ بعد، حتى وإن كان ضد حلفائه السابقين. تستمر معاناة الشخصيات وسط المعارك ضد الملائكة ووسطهم، تصل إلى ما قد يكون نهاية العالم.