این داستان در سال ۳۱۹۹ آغاز می‌شود، هنگامی که دشمن قدرتمندی از کهکشان همسایه به راهی به درون کهکشان راه شیری حمله می‌کند. دشمن نیروهای متحد کهکشان راه شیری را در هم می‌کوبد و آن‌ها یکی پس از دیگری defeats می‌کند. نیروهای باقی‌مانده اتحاد کهکشان راه شیری به شش ناوگان تقلیل می‌یابند. پس از نابودی مقر اتحاد و فرا رسیدن نشانه‌های فروپاشی اتحاد مرکزی کهکشان راه شیری، یاماتو بزرگ صفر همه را غافلگیر می‌کند و مأموریت کمک به اتحاد کهکشان راه شیری در یک نبرد بزرگ نهایی را آغاز می‌کند.