Sosuke adlı genç bir çocuk sahilin üzerinde kayalık bir uçurumdan bakarken mahsur kalmış bir japon balığını kurtardığında, karşısına beklediğinden fazlasını bulur. Ponyo meraklı ve enerjik bir genç yaratık olarak insan olmaya özlem duyar; ancak evin etrafında kaos çıkarırken bile babası, güçlü bir büyücü, Ponyo'yu denize geri götürmek için planlar yapar.